Kepiawan Shinichi Kudo dalam menangani kasus kejahatan yang ditangani oleh salah satu kesatuan polisi di Jepang membuatnya dalam keadaan bahaya. Pada suatu ketika Shinichi Kudo menyaksikan aksi kejahatan namun kesialan menimpanya dimana salah seorang dari geng tersebut yang kemudian diketahui sebagai Organisasi Hitam memergoki Shinichi Kudo dan memaksanya meminum racun yang membuat tubuh Shinichi Kudo mengecil seperti anak sekolah dasar.
Tubuh kecil Shinichi Kudo tidak menghalanginya untuk terus membantu polisi dalam memecahkan berbagai kasus kejahatan karena ia memiliki otak yang cerdas selain itu dukungan dari seorang Professor Hiroshi Agasa yang memberikannya berbagai alat modern berteknologi tinggi, seorang detektif swasta Kogoro Mouri, Ran Mouri anak dari Kogoro Mouri sekaligus sahabat dekat Shinichi Kudo, serta teman-teman kecil Ayumi Yoshida, Mitsuhiko Tsuburaya, dan Genta Kojima.
Semenjak badannya mengecil akibat racun APTX 4869, Shinichi Kudo menyebut dirinya sebagai Conan Edogawa. Selain Shinichi Kudo, Shiho Miyano juga terkena racun APTX 4869 yang membuat tubuhnya mengecil. Sebenarnya Shiho Miyano bertujuan untuk melakukan bunuh diri untuk dapat lepas dari Organisasi Hitam. Sejak saat itu Shinichi Kudo mengubah haluan dari membantu Organisasi Hitam menjadi teman baik Conan Edogawa dengan nama samaran Ai Haibara.
Kasus perdana yang berhasil dipecahkan oleh Shinichi Kudo sejak tubuhnya mengecil sehingga membuatnya menyamar dengan nama Conan Edogawa adalah kasus penculikan seorang anak perempuan pengusaha terkenal. Hingga kini telah 272 kasus kejahatan yang berhasil di tangani Conan Edogawa dan kawan-kawannya.