Tahun 2003 Grand Prix Jepang menyaksikan salah satu pembalap lokalnya tewas yaitu Daijiro Kato.
Tahun 2004 Susunan pembalap MotoGP saat balapan akan dimulai berubah dari empat menjadi tiga pembalap setiap barisnya. Makoto Tamada memberikan kemenangan perdana bagi Bridgestone di Grand Prix Brazil.
Tahun 2005 MotoGP mengadopsi aturan flag-to-flag yang mengizinkan pembalap untuk menukar setelan motornya saat kondisi hujan ketika balapan sedang berlangsung.
Tahun 2007 MotoGP membatasi kapasitas kendaraan hingga 800 cc. Tahun ini juga menjadi tahun yang sukses bagi Ducati, pabrikan asal Eropa yang berhasil memenangi gelas juara pembalap dan konstruktor untuk pertama kalinya sejak 30 tahun yang lalu.
Tahun 2008 Dunlop menarik diri dari MotoGP.